São aquelas infecções que se iniciam após as 48 hs de internação. O paciente internado possui risco aumentado de se infectar pois está com a imunidade mais baixa, geralmente possui varias portas de entrada para bactérias como acessos venosos, sondas, etc. O hospital é um ambiente com muitas bactérias resistentes a vários antibióticos pois quanto mais antibiótico se usa, maior a seleção de bactérias resistentes, tanto no paciente que recebeu o tratamento quanto em seu entorno. Daí a importância de sempre medir o custo beneficio de cada tratamento antibiótico e sempre que possível, tentar identificar a bactéria culpada a traves de exames de cultura do local infectado.