Minha filha foi diagnosticada com encefalite viral e como sequelas no cérebro que segundo o médico

As "cicatrizes" (encefalomalacia) decorrentes de dano ao tecido cerebral, seja por infecção (como no caso da encefalite) ou por outro mecanismo, podem, sim, vir a causar epilepsia. No entanto, o que vai determinar se ocorrerão crises ou não depende do tamanho da lesão e da sua localização, bem como da predisposição do paciente em particular.