A acatisia causada pelo uso do Aripiprazol é um efeito colateral que pode desaparecer com o tempo? E

Sim, geralmente melhora em até algumas semanas. Em 3 semanas já era esperando melhora. Algumas estratégias para controle são:
1 - Suspensão ou troca por outro antipsicótico que não tenha esse efeito adverso
2 - Redução da dose
3 - Associação com medicações que ajudam a controlar a acatisia (por exemplo, propranolol)

Entendo esse desconforto já que acatisia é realmente muito angustiante e pode dar vontade de parar o remédio.
De forma objetiva:
Sim, a acatisia causada pelo aripiprazol pode diminuir ou desaparecer com o tempo, especialmente nas primeiras semanas.
Com 3 semanas, ainda pode estar dentro do período de adaptação.
Em alguns casos, porém, o sintoma não melhora sozinho e precisa de ajuste de dose, mudança de horário ou medicação associada.
Não suspenda o medicamento por conta própria, pois isso pode piorar o quadro.
O ideal agora é reavaliar o tratamento, porque existem estratégias eficazes para aliviar a acatisia sem perder o benefício do remédio. Se puder, agende uma consulta comigo para avaliarmos sua situação com cuidado e aliviar esse desconforto o quanto antes.

Olá. A tendencia é melhorar cok o tempo, sim, mas em alguns casos não desaparece e se faz necessário incluir outra medicação para controlar o prejuizo aos movimentos.
Espero ter ajudado.