Estou no segundo mês de uso da isotretinoina e estão aparecendo alguns nódulos próx a virilha, como

Pode acontecer sim! a medicação, principalmente nos primeiros meses, tende a colocar "tudo pra fora". A isotretinoína pode deixar a pele e mucosas mais ressecadas e frágeis, alterando a barreira cutânea e até a flora da pele. Isso pode predispor a:
Foliculite (inflamação/infeção dos folículos, muito comum em áreas de atrito como virilha, nádegas, axila);
Furúnculos ou abscessos cutâneos causados por bactéria (geralmente Staphylococcus aureus);
E, em pacientes predispostos, pode até facilitar crises de hidradenite supurativa (embora não seja efeito direto clássico da iso).
Ou seja, não costuma ser um “efeito esperado” da isotretinoína como a piora inicial da acne no rosto, mas sim uma consequência indireta do ressecamento + alteração da microbiota + atrito local.

Olá! Durante o tratamento com isotretinoína, a pele pode ficar mais sensível e ressecada, o que às vezes favorece inflamações em regiões de pelos, como virilha e axilas. Pequenos “caroços” podem estar relacionados a foliculite, que é relativamente comum e costuma melhorar sem complicações.
Em casos raros, pode ocorrer formação de granulomas piogênicos relacionados à isotretinoína, que são pequenas lesões avermelhadas e elevadas. Apesar de incomum, é mais um motivo para que qualquer nódulo novo ou que não melhore seja avaliado presencialmente pelo dermatologista que acompanha o tratamento.
Sempre que notar lesões novas, dolorosas ou que crescem, é importante comunicar o médico para que ele possa orientar o manejo adequado e descartar complicações.