Estou tomando Metronidazol por causa de infecção intestinal, devido aos enjôos comecei a tomar omeprazol,

Não há relato na literatura acerca de interações medicamentosas entre metronidazol e omeprazol. Entretanto, assumindo que na maior parte dos casos de medicamentos tomados por via oral o fabricante prevê um meio gástrico ácido para o medicamento se dissolver, e que omeprazol altera a acidez do meio gástrico, é possível propor que o uso de omeprazol possa interferir na absorção do metronidazol. Não obstante, isto não configura uma contraindicação ao uso de ambos, apenas que se deve ter atenção quanto a este aspecto.

Uma boa anamnese, exame físico, talvez exames complementares, podem te ajudar muito.