Estou tomando Trazodona meio comprimido de 50mg à noite (3º dia) e a médica pediu por 6 dias, após 1

Não há como ter certeza de que se trata de efeito colateral da trazodona. Não é um efeito colateral comum dela, ao contrário de medicações ISRS. Quando é medicamentoso, na maioria dos casos melhora em alguns dias. Converse com sua psiquiatra sobre como tratar sua dor de cabeça, para não ficar sofrendo desnecessariamente. E não "desista" de remédios: se tem alguma dúvida, converse com sua psiquiatra. Grande parte dos pacientes que não ficam bem dos transtornos tratados, é porque resolvem mexer por conta própria nas medicações.

Embora possa causar enxaqueca, não é muito comum a Trazodona
causar tanto incômodo, ainda mais nessa dose baixa.
Pode ser uma maior sensibilidade sua e nesse caso não recomendo
aumentar a dose, pelo menos por enquanto. Se não passar em 10 dias,
dificilmente irá se adaptar.

A dor de cabeça, inclusive enxaqueca, pode sim ocorrer como efeito colateral da trazodona, especialmente nos primeiros dias de uso ou durante o aumento da dose. Embora não seja o sintoma mais comum, algumas pessoas são mais sensíveis e podem ter esse tipo de reação, especialmente se já têm histórico de enxaqueca.

Esse tipo de efeito colateral costuma ser transitório e tende a melhorar entre 3 a 10 dias após o início do uso ou após o ajuste de dose, à medida que o organismo se adapta. No entanto, se a dor está muito intensa, não responde a analgésicos e está prejudicando sua rotina, vale conversar com sua médica antes de continuar — principalmente porque você ainda está na fase de adaptação, e ela pode ajustar a estratégia ou até considerar outra opção.

Não é necessário sofrer para "aguentar" o início do remédio. Se a trazodona estiver te causando mais mal-estar do que benefício, vale reavaliar com sua médica. Mas sim, em muitos casos esse tipo de efeito passa sozinho após alguns dias. Avalie seu limite de tolerância e não hesite em pedir uma nova orientação profissional se a dor persistir.