Herpes pode vir como aftas internas, sem lesões nos lábios ou boca?

Sim.

Procure um profissional,para que ele possa te avaliar e te dar o diagnóstico correto

Não tão comum, mas pode sim. Geralmente as feridas vem no mesmo lugar, todas as vezes, porém não é regra. Procure um dentista para avaliar se realmente é herpes

Sim, a herpes simples pode se manifestar dentro da cavidade bucal. Sugiro que você realize avaliação com um cirurgião-dentista estomatologista.