Meu irmão tem 5 anos e operou do estrabismo, estamos nervosos, pois ele tinha um desvio para dentro

Isso pode ocorrer sim. Sempre se calcula a cirurgia para zerar o desvio ocular ou deixar próximo de zero, mas as hiper correções (desviar pro lado contrário do desvio pré cirúrgico) pode sim ocorrer. Faz parte da estatística e isso é discutido com os responsáveis antes do procedimento cirúrgico. Devemos esperar algumas semanas( em torno de 6) pra avaliar o resultado final e discutir possibilidade de uma nova cirurgia, se for de vontade dos pais e paciente.