Meu noivo foi diagnosticado com meningite, porém estão em duvida sobre qual é o microorganismo causador

No caso da hipótese diagnóstica ser meningite viral (causada por vírus), não há a necessidade de isolamento. No caso de meningite bacteriana (causada por bactérias), especialmente a causada pela bactéria chamada meningococo, o isolamento é necessário.
No caso do seu noivo, a dúvida do agente causador acontece devido ao uso de antibióticos (Clavulin). O uso do antibiótico altera resultados de exames de sangue e do exame do líquido céfalo raquidiano (líquor), tornando os achados de uma meningite bacteriana mais parecidos dos de uma meningite viral. O quadro clínico e a evolução da doença são tão ou mais fundamentais nessa hipótese diagnóstica que os exames subsidiários. Então, como não foi proposto isolamento para ele, devem estar com uma certa segurança de que se trata de uma meningite viral, que na maior parte dos casos tem um bom prognóstico de recuperação