Qual a desvantagem de se fazer artroscopia dos joelhos em um só tempo cirurgico ?

Acho que só tem vantagens: única internação, única anestesia, custo menor e fisioterapia / recuperação em um só tempo.

Se o procedimento for realmente apenas uma artroscopia simples nos joelhos não vejo desvantagem alguma, muito pelo contrário.

Depende de qual o problema, lesão meniscal, ligamentar, se vai haver sutura do menisco ou ressecção. Pode haver dificuldade na reabilitação pós operatória.