Qual a melhor atividade física para mulher de 39 anos? Academia ou treino funcional?

Os dois são recomendados. Nesse caso precisa ver a particularidade de cada biotipo da pessoa e o seu objetivo na escolha do treinamento.

Você gosta do ambiente de uma academia? Se sente bem lá? Eu acredito que você precisa gosta da atividade física para realmente ficar e ter resultados. Se gosta, vai lá. Se não, um Treinamento Funcional com um Personal será super indicado e te trará excelentes resultados.

Olá, interessante sua pergunta.
Depende do seu objetivo. A idade está na mente da gente. Acredite, você é capaz de mudar a sua realidade para o melhora pra ti.
Para gastar calorias com mais animação, sugiro atividades coletivas, há variadas opções, Zumba, hidroginástica, Badminton, beach tennis, spinning.
Para gastar calorias e ganhar força, sugiro musculação e fast trainning.
Para gastar calorias e fazer manutenção de habilidades específicas, sim o funcional é muito bom.

Mas algo que é tão importante quanto a escolha da atividade a fazer é encontrar um local sério, responsável, com profissionais não só habilitados mas qualificados para o melhor suporte com a especificidade de cada aluno.

Vá viver e seja feliz.

Espero ter ajudado.