Tenho problema de pedras no rins e meu nefrologista me orientou a parar com a pílula anticoncepcional,

Olá. Sempre siga as orientações do seu médico ginecologista. Agende a sua consulta de reavaliação e esclareça suas dúvidas.
A sua anticoncepção deverá ser sempre individualizada. O seu médico deverá avaliar as suas indicações, contra-indicações e expectativas com relação ao método anticoncepcional escolhido.
Pelo Manual da Organização Mundial da Saúde, a mulher com cálculos renais não tem contra-indicação para o uso de qualquer método anticoncepcional.
O método anticoncepcional não favorece a formação de cálculos ou a piora dos cálculos, independente se é um comprimido ou se é um DIU.
Converse com o seu médico. Discuta a sua anticoncepção.
Nunca inicie uma medicação anticoncepcional sem a ajuda do seu médico. Nem todas as mulheres podem usar qualquer anticoncepcional. Essas medicações podem estar associada a eventos graves como trombose. O uso errado pode aumentar o risco de uma gravidez indesejada.

Você pode usar DIU hormonal,tendo calculo renal,não há contra indicação, como também no geral não vejo contra indicação para uso de anticoncepcional,porém como foi sugerido pelo seu nefrologista,que conhece especificamente seu caso,sugiro discutir com seu médico ginecologista,as melhores opções de contracepção, com as especificidades do seu caso,ele saberá orienta-lá.