Tomei 50mg de Amitriptilina 8 da noite, tomei novamente meia noite, porquê acabei trocando os remédi

Não entendi o que você trocou - outros remédios pela amitriptilina ou confundiu-se e a tomou duas vezes, ao invés de tomar outro remédio no segundo horário? Se tomou a amitriptilina 50 mg duas vezes pode, sim, ter algum efeito colateral desagradável (por exemplo, boca seca ou tontura quando se levanta) ou mesmo perigoso (dependendo de sua idade, dos outros remédios que toma e de se tem algum fator de risco). Nestes casos, sempre se deve falar com seu médico, que pode dar orientações específicas para seu caso. Caso se sinta mal, peça para alguém levar você a um pronto socorro para avaliação.

Olá, não tem problema ter tomado 2 comprimidos, pois 100mg está dentro da dosagem considerada terapêutica. Você ao ter tomado 2 cp pode apresentar temporariamente alguns sintomas, como:
taquicardia, bloqueio de ramo, hipotensão, constipação, agitação, hiperreflexia, rigidez muscular, vômitos, entre outros.
Se precisar de consulta em psiquiatria estou á disposição!