Eu estou com infecção de garganta e meu médico me receitou azitromicina e nimesulida. Porém percebi

Pode sim. A urina pode ficar com a coloração alterada com uso de alguns antiinflamatórios. Não é nenhum problema e melhora quando cessa o uso da medicação.

A urina mais amarela ou com tom esverdeado pode ocorrer por alguns motivos:
Concentração da urina (desidratação é muito comum durante infecções)
Metabólitos de medicamentos, especialmente anti-inflamatórios como a nimesulida
Uso de antibióticos, que podem alterar temporariamente a coloração da urina
Vitaminas ou alterações na alimentação
A azitromicina raramente causa essa alteração, mas não é impossível.
A isotretinoína, por outro lado, não costuma alterar a cor da urina, porém exige atenção ao fígado, especialmente quando associada a outros medicamentos. A avaliação em consulta com um clínico, de preferência com especialidade em clínica médica pode ajudar no diagnóstico preciso.

Sim, a alteração na cor da urina pode acontecer. A nimesulida pode alterar a coloração da urina para tons amarelados mais intensos. A isotretinoína também pode influenciar a cor da urina. A coloração amarelo-esverdeada geralmente não é preocupante se não estiver acompanhada de outros sintomas como dor, ardência ou febre. Mantenha boa hidratação, pois urina concentrada tende a ficar mais escura. Contudo, como você usa isotretinoína há 3 meses, é importante monitorar a função hepática (TGO, TGP) regularmente. Informe ao dermatologista sobre esses medicamentos adicionais.

Uma boa anamnese, exame físico, talvez exames complementares, podem te ajudar muito.