Fiz uma EDA e o resultado foi gastrite leve e o teste de urease foi positivo. O problema agora é o

Existem diversas alternativas para a erradicação do H.Pylori. No seu caso em particular, pode-se substituir a Amoxicilina pelo Metronidazol. Avise ao seu médico sobre sua alergia e ele irá prescrever um novo esquema.
Att.

Até o momento, segundo consensos nacionais e internacionais, a positividade da bactéria H. pylori não é indicativo de tratamento em todos os pacientes.
A erradicação desta bactéria está indicada, principalmente, em pacientes com úlceras gástricas ou duodenais, antecedente pessoal ou familiar de câncer gástrico, uso crônico de antiinflamatórios, alguns tipos de linfoma, além, da vontade do paciente (indicaçao relativa).
No seu caso, alérgica a um dos medicamentos convencionais para o tratamento do HP, existem alternativas, que são os esquemas de "re-tratamento".

Vale lembrar que a bactéria está presente em 80% da população brasileira e o risco de reinfecção existe, podendo, assim haver resistência bacteriana aos esquemas antibióticos existentes e utilizados.

Converse com seu médico.