O uso prolongado de condroflex pode acarretar em algum problema para os rins ou outros orgãos?

Não até porque é um remédio de uso prolongado para artrose.

Alguns estudos correlacionam o uso prolongado de condroprotetores (altas doses), principalmente a Glicosamina, provoca a destruição de células específicas no pâncreas, podendo aumentar o risco do desenvolvimento da diabetes.
Porém, como a glicosamina é muito pouco absorvida pelo intestino humano, atingindo concentrações muito baixas no sangue, ela não causa tantos problemas.

Na minha experiencia sem efeitos colaterais a longo prazo.

Sem efeito tóxico renal pelo uso prolongado. Vale lembrar que seu efeito é basicamente no controle dos sintomas e não proporciona o "retorno" da cartilagem "desgastada" na artrose.

Por se tratar de um suplemento alimentar, não.

O Condroflex (sulfato de glicosamina + condroitina) é, em geral, bem tolerado e seguro para uso prolongado, e não costuma causar danos aos rins ou órgãos quando usado na dose correta.
Mesmo assim, é importante seguir orientação médica e fazer acompanhamento, principalmente em pessoas com doenças renais ou hepáticas pré-existentes.