perdi meus dentes molaes quase todos na parte inferior e por conta disso os demais se separaram e sairam

Idealmente não.

Dependendo do tipo de prótese, ela pode impedir a movimentação do dente com o aparelho ortodôntico.

Seu ortodontista dispõe de meios para evitar prejuízo estético durante o tratamento ortodontico, como usar dentes provisórios no aparelho.

Vale lembrar que apos o tratamento ortodontico, pode ser necessário fazer uma nova prótese caso a antiga não sirva mais (principalmente no caso de próteses removíveis).

Bom dia!
O ideal seria inicialmente, após um correto diagnóstico e planejamento de todos os seus problemas bucais, primeiramente posicionar os dentes em suas posições ideais finais e somente então reabilitar com implante e prótese. No caso de ausência em áreas estéticas/anteriores, é possível "disfarçá-las" utilizando dentes provisórios apoiados no próprio aparelho ortodôntico ou até mesmo próteses adesivas. Mas no seu caso, em se tratando de molares inferiores, isso não indicado. Primeiro fecha os espaços e os readequa e depois reabilita. Existem outros casos, ainda, onde é possível realizar o(s) implante(s) logo de cara, mas para isso é necessário um "set-up" de diagnóstico (Técnica de Smalley) e bastante experiência por parte dos profissionais envolvidos, pois o implante uma vez instalado não muda mais de local. Para responder adequadamente esta pergunta, recomenda-se uma consulta presencial, exame clínico e exames complementares. Boa sorte!
Att, Dr. Gustavo Zanardi

É possível continuar usando sua prótese, após iniciar o tratamento ortodôntico, mas a posição dos seus dentes vai mudar, e a prótese além do suporte em mucosa também está apoiada nesses dentes. O tratamento ortodôntico pode prejudicar o apoio da sua prótese, bem como a prótese pode prejudicar a movimentação adequada dos dentes. Dependendo do tipo de prótese é possível ajusta-lá para permitir a movimentação dentária, mas muito provavelmente você terá que fazer uma nova ao final do tratamento, porque esta que vc usa hoje ficará frouxa.

O seu caso necessita alívio vertical sobre os dentes anteriores,para que possam ser movimentados. Uma prótese provisória ou a confecção de pistas desoclusoras com resina em dentes remanescentes pode ser a solução para o seu caso. Precisariamos avaliar quais os dentes que mantem sua dimensao vertical e a possibilidade de realizar esse procedimento desta forma que descrevi.