POSSO substituir suplementos de cálcio com Vit.D 3 , por1 litro leite de vaca da padaria , por di

mas o cálcio será suficiente, então bastaria você pode dosar a vitamina D no sangue e ver qual a dose para suplementação será necessária.

Neste 1L de leite não haverá a quantidade suficiente de vitamina D

É importante você procurar ajuda de um nutricionista para indicar quais são as melhores opções / substituições de alimentos ricos em Vitamina D. O nutricinista avaliará seus hábitos de vida e os exames sanguíneos para ver o quanto sua vitamina esta abaixo do recomendado e calcular um planejamento alimentar adequado, assim conseguirá verificar se somente com este planejamento você irá adequar seus níveis de vitamina. Caso não seja possível o nutricionista indicará, junto com seu médico, a melhor dosagem de suplementação.
Usar somente um tipo de alimento para repor qualquer vitamina ou mineral não é indicado, o ideal é variar os tipos de alimentos, dessa forma você minimiza os efeitos colaterais que um alimento provoca,como citado, o leite aumenta a formação de gases, diarréia, é rico em proteína o que pode gerar uma sobrecarga renal, aumento do colesterol, acúmulo de gordura no fígado, pode induzir ao aparecimento de sinusite, rinite e dermatite (pelo excesso de lactose...).

Com relação ao cálcio, você pode sim fazer essa substituição. No entanto, será necessário controlar a vitamina D com dosagem sérica e possível suplementação, e atentar para alguns efeitos colaterais do leite, como flatulência por intolerância a lactose e piora do colesterol. Sugiro que essa substituição seja orientada pelo seu médico.