Tenho Lupus Eritematoso Sistemico e queria saber se posso cursar medicina mesmo assim, considerando que

Com certeza. Apesar do estresse e dos riscos de exposição a doenças infectocontagiosas, não há fator impeditivo para você cursar medicina.
Há uma gama de recursos terapêuticos que podem controlar o lupus e prover uma vida muito proximo a normalidade.
Siga sua vocação!

Claro que pode! O estresse pode estar em várias situações do dia a dia e até por ser da personalidade da pessoa. Não deixe de fazer nada por conta da sua doença. Existe controle para o Lúpus! Existem também os períodos de atividade e remissão. Vá em frente e curse o que for do seu desejo!

É difícil aconselhar alguém, mas não há contra indicações. O maior risco na verdade é infecção dependendo das medicações imunossupressoras que você usar ou estiver usando. Estressante tudo é! Principalmente se você fizer uma área que não goste.
Na medicina você pode fazer áreas sem contato direto com pessoas infectadas como análise histológica, radiologia. Vem crescendo a necessidade de laudos a distância como de eletrocardiograma, espirometria - que estão cada vez mais digitais. Serviço administrativo médico para hospitais, operadoras de saúde, laboratórios e a área de pesquisa médica.
Então talvez você só tenha que adequar o seu sonho. Mas não acho que isso pode te impedir. Boa sorte