Tive relações sexuais e depois tomei a vacina do hpv, agora apareceu uma verruga na região genital,

Primeiro seria importante confirmar se realmente a lesão que você notou é causada pelo HPV. Segundo, a menos que você tenha tomado a vacina antes do primeiro contato sexual você já poderia estar com o vírus e ele só ter se manifestado agora.
Outra questão é que a vacina protege contra os subtipos mais comuns e os com maior risco de causar câncer de colo uterino mas não protege contra todos os tipos.
Independente de ter tomado ou não a vacina você precisa fazer o exame preventivo anualmente com o ginecologista. Apresentando qualquer lesão diferente vá ao ginecologista o mais breve possível mesmo que você tenha feito preventivo a menos de um ano.

Olá. Nem toda verruga genital é devido ao HPV. A avaliação do seu médico é fundamental para esse diagnóstico. A biópsia pode ser realizada para confirmar se é ou não uma lesão pelo HPV. Existem lesões como o fibroma mole que mimetizam um verruga.
A vacina protege contra 2, 4 ou 9 vírus. Existem mais de 35 subtipos de HPV que infectam a região genital. A vacina não impede que você tenha lesões pelo HPV mas reduz muito esse risco. Você pode ter lesões pelos vírus que não estão presentes na vacina e cuja prevalência na população geral é muito baixa.
A vacina não desobriga você a colher Papanicolaou. Você precisa manter a rotina anual para prevenção de câncer de colo uterino.
Geralmente o vírus que provoca verrugas genitais não provoca alteração no colo uterino. O vírus que provoca câncer do colo uterino não gera verruga. Mas você pode ter a infecção por mais de 1 tipo de vírus.
Mesmo cauterizando as verrugas, você pode manter uma infecção cronica e latente pelo HPV, podendo transmiti-lo.