Endoscopia com ou sem contraste, qual a diferença?

Na verdade , mesmo com mais de 30 anos fazendo Endoscopia, eu desconheço o uso de contraste na Endoscopia Digestiva Alta, ou seja, na Endoscopia que verifica a situação do esôfago, estômago e duodeno.
CONTUDO
Há um tipo de Endoscopia especial, que injeta contraste para saber a situação do pâncreas e das vias biliares. Essa Endoscopia é chamada ERCP(em Inglês) ,CPER em Português e utiliza contraste.

Mas é bom que sua pergunta permite esclarecer dúvidas sobre a famosa Endoscopia:
vamos falar um pouco sobre a famosa Endoscopia. Falarei só sobre o aspecto diagnóstico, pois a Endoscopia pode parar sangramentos, retirar pólipos(tumores geralmente benignos), dilatar áreas estreitadas, etc. Mas falo da parte diagnóstica:

- a Endoscopia é um exame que mostra o interior do esôfago, estomago e duodeno. Usa-se um aparelho fino e flexível, que tem uma câmara na ponta(é o famoso endoscópio). Além de permitir um diagnóstico muito acurado das doenças desses órgãos, é possível também retirar fragmentos(biópsias) de áreas que parecem alteradas. Pode-se também verificar a presença da bactéria Helicibacter pylori (também chamada de H. pylori) que é o maior causador de gastrites e úlceras.

Claro que a análise das imagens vistas pelo médico dependem da experiência e da formação do mesmo. Um bom Endoscopista consegue avaliar o que está acontecendo no trato digestivo alto e dar um Laudo adequado da situação. Mas para isso é preciso ter formação adequada. E é lógico que quanto mais tempo um Endoscopista tem de experiência maior será sua facilidade em avaliar o que vê.
Para ser um bom Endoscopista é preciso uma formação que inclui Residência Médica em área correlata(por exemplo Gastroenterologia) e depois uma Residência específica em Endoscopia. Daí se chega ao Título de Especialista. Se o Médico quiser mais formação poderá obte-la no Exterior.
É lógico que para conseguir dar um diagnóstico exato é preciso estudar todas as novidades. Um bom Médico estuda sempre.
Sobre a segurança: se feita com os rígidos protocolos modernos, a Endoscopia é muito segura. Casos mais severos podem acontecer devido aos sedativos usados. Mas nada acontece com uma Endoscopia "de per si". Por isso mesmo, nossos pacientes são monitorados clinica e por instrumentos antes, durante e após o exame. E, naturalmente, conhecemos o paciente em detalhe antes do exame. Por exemplo, é PRECISO saber os medicamentos que o paciente usa, suas alergias e as eventuais doenças que tem. Se tomarmos as medidas para a máxima segurança os riscos são muito diminuidos. A segurança é muito alta.

Finalmente: Endoscopia não doi. Não dói nada. Mesmo assim, o exame normalmente é feito sob sedação e anestesia da garganta , que diminui ou abole o reflexo de engasgar. E a sedação diminui muito a ansiedade e permite um exame tranquilo.

O melhor a ser realizado, neste caso é consultar-se com um gastroenterologista/hepato de sua confiança, a fim de esclarecer detalhadamente cada dúvida.