Eu tenho 16 anos e estou tomando fluoxetina por 60 dias pode atrasar a menstruação?

Olá. Sempre siga as orientações do seu médico. Agende a sua consulta de reavaliação e esclareça suas dúvidas.
Nunca inicie uma medicação sem a ajuda do seu médico. Evite a automedicação.
A sua avaliação clínica através da sua história clínica, suas queixas e exame físico é fundamental para o diagnóstico e tratamento corretos.
A fluoxetina não é causa do atraso menstrual.
A ausência de menstruação precisa ser investigada.
Os estresses físicos e emocionais e as atividades físicas extenuantes podem provocar ausência de menstruação.
As disfunções hormonais precisam ser investigadas: menopausa, hiperprolactinemia, disfunções da tireoide, disfunções da adrenal, síndrome do ovário policístico, etc.
Alguns problemas de saúde como a obesidade podem provocar irregularidade menstrual.
No entanto, o primeiro passo é sempre descartar uma gravidez. Faça um novo teste de gravidez.
Converse com o seu médico. Esclareça suas dúvidas. Discuta o seu diagnóstico e tratamento.

Tecnicamente, não. O ideal é fazer um teste de gravidez para descartar possível gestação e depois procurar seu médico para uma avaliação completa das complicações menstruais.