Tenho condromalácia, início do grau II. O médico disse que era devido ao encurtamento muscular. Uns

São vários os fatores envolvidos, mas ficar duas horas por dia ajoelhado força muito a articulação entre a patela e o fêmur e pode, sim, ter ajudado a causar a lesão.

Não há como ter certeza se a lesão na cartilagem era anterior ao seu hábito de ajoelhar para rezar ou não. Lesões como a sua são extremamente comuns na população, mesmo naqueles que não tem o mesmo hábito que o seu. E nem todos os que tem uma lesão na cartilagem da patela apresentam dor.
Por outro lado, sabe-se que posições de agachamento e ato de ajoelhar aumentam muito a pressão exercida na cartilagem da patela podendo desencadear uma lesão ou mesmo tornar uma lesão pré-existente assintomática em uma lesão dolorosa. Portanto, é possível que seu hábito tenha colaborado com o surgimento da dor, mas não há como se garantir que tenha sido responsável pelo surgimento da lesão. De qualquer forma, seu problema tem tratamento e há grande chance de você poder ajoelhar novamente sem dor. Procure um especialista.

Concordo com Dr.Paulo e sugiro que você evite posição prolongada de flexões, como sentar ,ajoelhar.
Procure ajoelhar por pouco tempo e sempre que perceber a dor, evite esta posição.