A quetiapina altera a estrutura do sono reduzindo N3 e REM?

Olá, a quetiapina pode reduzir o sono REM mas não há evidencia cientifica consistente de redução do N3.

Pode alterar, sim.
A quetiapina pode modificar a arquitetura do sono, mas isso depende muito da dose, do motivo do uso e da pessoa.
Em geral, ela tende a aumentar a sonolência e o tempo total de sono, principalmente pelo efeito anti-histamínico.
Sobre N3 e REM, os estudos mostram resultados variáveis: em alguns casos pode haver redução ou alteração dessas fases, mas na prática clínica o mais importante costuma ser avaliar se o sono ficou reparador, se há sonolência diurna, pesadelos, piora cognitiva ou sensação de “ressaca”.
Se a dúvida é por uso contínuo ou por qualidade do sono, vale discutir com o psiquiatra, porque nem todo remédio que “faz dormir” necessariamente melhora a qualidade do sono.

Diferente dos benzodiazepínicos (como o clonazepam), que sabidamente reduzem o sono profundo (N3) e o REM, a quetiapina tem um perfil muito superior nesse aspecto. Em doses baixas voltadas para indução do sono, ela costuma aumentar o tempo total e o estágio 2, sem reduzir significativamente o estágio N3. Pode haver uma supressão leve e clinicamente irrelevante do REM, mas no geral ela preserva a arquitetura natural do sono.

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Sim, a quetiapina altera arquitetura do sono, mas o efeito não é simétrico entre os estágios. A literatura é razoavelmente consistente em mostrar aumento do tempo total de sono e aumento de N2, com encurtamento da latência para dormir. O efeito sobre N3 (sono de ondas lentas) tende a ser neutro ou levemente aumentado em doses baixas, principalmente pelo bloqueio de receptores 5-HT2A e H1.
Sobre REM, há redução clara, principalmente por antagonismo histaminérgico e ação anti-adrenérgica. A redução é dose-dependente e mais marcada em doses antipsicóticas (acima de 100mg) do que nas doses sedativas baixas (25 a 50mg) que costumam ser usadas off-label para insônia. Em doses baixas, a redução de REM existe mas é modesta.
Então a resposta curta é: REM reduz, sim. N3 não costuma reduzir, e em alguns estudos até aumenta levemente. Esse perfil é parte do motivo pelo qual a quetiapina é tão usada off-label para insônia, mas também é parte do motivo pelo qual ela tem efeito hangover matinal e prejuízo cognitivo no dia seguinte em alguns pacientes, principalmente em doses mais altas ou em uso prolongado.