Malformações congênitas podem afetar o pé provocando várias anomalias, destacando-se: 1) duplicação de dedos (polidactilia); 2) falta de separação de dedos (sindactilia); 3) combinação de duplicação com falta de separação dos dedos (polissindactilia); 4) dedos excessivamente grandes (macrodactilia) ou excessivamente pequenos (microdactilia); 5) ausência de dedos (agenesia); 6) formas aberrantes do antepé como por exemplo a deformidade em "pinça de lagosta" ou o gigantismo provocado pela neurofibromatose (doença do "homem elefante"). Outras deformidades congênitas que requerem devida atenção e tratamento são: o pé talo vertical congênito; a coalizão tarsal (barra óssea); o pé metatarso aduto.

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Para um pé ser saudável, ou seja, que não leve a dificuldade na forma de andar, que não seja doloroso e que tenha um boa adaptação aos sapatos, ele precisa ser plantígrado e ter mobilidade. Dores localizadas, desgaste irregular do calçado ou limitação do movimento dos pés, são sinais de alterações importantes, e é necessária a avaliação do especialista para tratamento adequado.